El Museo Universitario Dr. Luis Mario Schneider, perteneciente a la Universidad Autónoma del Estado de México, da cuenta de la rica herencia cultural y medioambiental de la región de Malinalco. Sus colecciones arqueológicas, documentales, históricas, religiosas, etnográficas, botánicas y artísticas, en su mayoría fueron donadas o facilitadas en préstamo por miembros de la comunidad de Malinalco, quienes tradicionalmente se han preocupado por preservar su patrimonio común; también se han recibido en comodato por diversas instituciones. Estas colecciones se organizan temáticamente en torno a dos conceptos generales.

El primero se refiere al ciclo anual y a los cambios estacionales en la región, básicamente atendiendo a las peculiaridades culturales y naturales que definen a Malinalco durante las dos grandes épocas anuales: los períodos de secas y de lluvias.

El segundo concepto general está basado en la visión mesoamericana que concibe al universo como la sucesión de tres niveles superpuestos: el inframundo, la superficie y el mundo celeste. Lo anterior se debe a la concepción prehispánica acerca de la Malinalli, planta de la que el sitio toma su nombre y que se consideraba justamente como el medio de comunicación entre los niveles del universo.