La Facultad de Ciencias es un organismo consolidado de la Universidad Autónoma del Estado de México, originalmente este organismo académico fue creado por acuerdo del H. Consejo Universitario como Escuela de Ciencias, la cual inició sus actividades académicas en el año de 1987. En febrero de 1996 se constituyó oficialmente la Facultad e inician en ese mismo año el posgrado en Ciencias con opciones en Física No Lineal y Ciencias Nucleares, autorizados también por el H. Consejo Universitario. La existencia del posgrado fortaleció la importante labor en la preparación de universitarios con vocación científica e impulsó la investigación. Desde el 2004, el entonces programa de Maestría y Doctorado en Física no Lineal y Ciencias Nucleares se incorporó en el Programa Institucional de Fortalecimiento al Posgrado (PIFOP). Durante la Administración 2000-2004 el posgrado alcanzó una matrícula promedio de 29 estudiantes cumpliendo con los criterios establecidos en el CONACyT para conservarse dentro del Padrón de Excelencia.
Estos programas comenzaron a operar oficialmente en el año 2008. Para la maestría se promovieron cuatro generaciones de estudiantes, en promedio con una eficiencia del 87.5% de índice de graduación.
Recientemente se ofrece el Doctorado, así como la Maestría en Ciencias (Físico, Matemáticas y Biología), en febrero de 2012 el H. Consejo Universitario aprobó la restructuración del plan de estudios, que derivó de una evaluación realizada por el CONACyT en 2010.
La Educación Universitaria es el motor del descubrimiento y del avance científico.
Incorporar a la UAEM en la dinámica del desarrollo nacional e internacional
Responsabilidad de establecer, y en su caso, mejorar los programas de posgrado e investigación.